En 2016, el Gobierno federal otorgó a la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat), la Comisión Nacional del Agua (Conagua), la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (Profepa), el Instituto Nacional de Ecología y Cambio Climático (INEEC), el Instituto Mexicano de la Tecnología del Agua (IMTA) y al Programa de Medio Ambiente y Recursos Naturales un total de 101 mil 294 millones 657 mil 590 pesos, mientras que en 2015 estas dependencias tuvieron de presupuesto 121 mil 796 millones 333 mil 487 pesos.
Además, en este año, se eliminaron mil millones 624 mil pesos que eran destinados al Programa de Medio de Medio Ambiente y Recursos Naturales, correspondiente al Anexo 30, del Presupuesto de Egresos de la Federación (PEF) 2016 bajo la política de un Presupuesto Base Cero, determinada por la Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP) .
Sin embargo, la dependencia más afectada fue la Semarnat, a la que se le quitaron 10 mil 486 millones 447 mil 597 pesos; la Conagua, con 8 mil 165 millones 520 mil 043 pesos; la Profepa, a la que recortaron 138 millones 828 mil 687 pesos, y el IMTA, con 36 millones 243 mil 873 pesos.